Parmi les œuvres pour orgue composées par Jean‑Sébastien Bach, la plus connue est la Toccata et Fugue en ré mineur, probablement écrite autour de 1704. Cette pièce est l’une de ses compositions les plus marquantes, où se déploie une impression de consonance parfaite créée par les cascades et les crescendos des lignes mélodiques. Celles‑ci naissent de motifs soigneusement construits selon les principes du contrepoint rigoureux, se superposent dans différentes octaves et se répondent entre les divers claviers de l’orgue, soutenus par les lignes jouées au pédalier. L’œuvre est généralement rattachée à la période où Bach travaillait à l’église Saint‑Boniface d’Arnstadt et vivait ses débuts de relation avec Maria Barbara, qui deviendra sa première épouse. On raconte que leurs rencontres fréquentes en dehors des offices firent partie des motifs de tension avec la direction de l’église, qui supportait mal ses absences pendant les homélies.

Une grande partie de ses compositions est destinée aux offices religieux luthériens et catholiques. Parmi elles, les plus complexes sont les messes et les oratorios. La messe rassemble des récitatifs, des chants et des pièces instrumentales, soutenus par l’orgue à tuyaux et parfois par un orchestre. L’oratorio présente une structure musicale comparable, mais plus développée. La principale différence tient au fait que la messe est organisée en plusieurs sections correspondant aux moments de la liturgie, tandis que l’oratorio se consacre à un seul thème, généralement un sujet religieux chrétien, mis en vers par des poètes. Dans ce genre, Bach compose l’une de ses œuvres les plus admirées pour la richesse de son harmonie et l’extrême cohérence de sa consonance : la Matthäuspassion, que l’on peut traduire par La Passion de Jésus selon saint Matthieu.

La première version de la Matthäuspassion est présentée en 1727, puis la version définitive en 1736. Le principal auteur du livret est Christian Friedrich Henrici, dit Picander, qui s’appuie sur l’Évangile selon saint Matthieu pour construire le texte. Les parties vocales sont écrites pour soprano, alto, ténor, basse, ainsi que pour deux chœurs à quatre voix chacun. Les parties instrumentales mobilisent les familles des bois, des cordes et l’orgue. Les lignes mélodiques, lorsqu’elles résonnent en polyphonie, obéissent aux règles du contrepoint rigoureux et prolongent les techniques développées notamment par Giovanni Pierluigi da Palestrina, tout en leur donnant une ampleur dramatique propre à Bach.